Algunos pendrives (e.g. SanDisk Cruzer) vienen con un software llamado U3 Launchpad que, aunque se vuelva a particionar y formatear el drive, sigue apareciendo en una partición read only escondida.
http://www.u3.com/ U3 provee una herramienta para desinstalarlo, pero sólo corre en windows.
Hay una herramienta open source u3-tool que permite hacerlo también en linux.
En debian/ubuntu está en los repositorios desde squeeze y karmic respectivamente, así que se instala simplemente:
sudo apt-get install u3-tool
Para remover la partición escondida sin tener la password (que obviamente SanDisk no publica) hay que usar el siguiente comando que asigna 0 bytes a la partición escondida. Aquí /dev/sdx1 es la partición de DATOS (no la de sólo lectura):
USBDEVICE=/dev/sdx1
sudo u3-tool -p 0 ${USBDEVICE}Por lo que dice en el manual, luego hay que volver a formatear la partición de datos.
.